De Trakehner stamt oorspronkelijk van de stoeterij in het dorp Trakehnen in Oost-Pruisen, thans Jasnaja Poljana in het oblast Kaliningrad. Het fokken van paarden in deze streek is terug te volgen tot de dertiende eeuw, de tijd dat de Duitse Orde zich daar vestigde. De eigenlijke stoeterij, die bekend zou worden, werd pas gesticht in 1732 en wel door koning Frederik Willem I.

Aanvankelijk was de stoeterij gespecialiseerd in tuigpaarden voor de koets en andere vormen van paardentractie, waarmee ze al gauw in het hele land een goede reputatie opbouwde. Tegen het einde van de achttiende eeuw verschoof het fokdoel in de richting van paarden voor de cavalerie. Het succes van het ras was mede te danken aan het voorbeeldige stamboek dat stalmeester Burchard von Oettingen eropna hield. In haar bloeiperiode beschikte de stoeterij over een oppervlakte van bijna 140 km² aan weilanden.

In de negentiende eeuw werden de paarden veredeld met Arabische en Engelse volbloedpaarden. Als gevolg daarvan stamden de Trakehners begin twintigste eeuw voor ongeveer de helft af van volbloeds.

De fokkerij van paarden in Trakehnen kwam met de Russische bezetting eind 1944 tot een abrupt einde toen de stoeterij daar opgeheven en ontruimd werd. Veel paarden gingen bij wijze van herstelbetaling naar de Sovjet-Unie, andere kwamen terecht in de Sovjet-Russische bezettingszone, de latere DDR. Een klein aantal dieren uit privébezit (575 merries en 45 hengsten) ontkwam naar de westelijke bezettingszones, het latere West-Duitsland. In zowel de Sovjet-Unie als in West- en Oost-Duitsland werd daarna doorgefokt met deze dieren, al duurde het met name in het westen nog wel even voordat men het niveau van de oude Trakehners weer had bereikt. Sindsdien zijn Trakehners in vele landen gebruikt voor de paardensport, alsook voor de veredeling van andere rassen.

Oorspronkelijk mochten alleen paarden die daadwerkelijk in de buurt van Trakehnen waren geboren, Trakehners heten. Paarden van hetzelfde ras die elders waren geboren noemde men 'Oost-Pruisisch warmbloed'. Volgens die definitie zouden er thans geen Trakehners meer bestaan. In de praktijk is die definitie thans dan ook losgelaten.