In de 16e en 17e eeuw regeerden de Habsburgers over grote delen van Europa en samen met de lokale Napolitaanse adel (de hertogen van Savoye en Mantua, de beruchte Borghese familie, de graven Conversano en anderen) stonden zij aan de basis van de Zuid-Italiaanse paardenfokkerij. Net zoals in de latere Oostenrijkse gebieden gebruikelijk was, werden ook in Zuid-Italië Spaanse paarden ingevoerd ter verbetering van de fokkerij.

Uit deze fokkerij ontstond de Napolitaner die een grote verwantschap had met de Spaanse paard maar er uiterlijk toch duidelijk van verschilde. De Napolitaner was groter en langer gelijnd en had zwaarder beenwerk dan de Spaanse paarden. Kenmerken die wel duidelijk afkomstig waren van de Spaanse paarden waren de verheven gangen en de halsoprichting.

n deze periode werden paarden voor verschillende taken gebruikt, de meest elegante paarden werden gebruikt voor de Klassieke Rijkunst aan de verschillende adellijke hoven maar de minder elegante dieren werden als koetspaarden of cavaleriepaarden gebruikt. In de loop der tijd verschoof de nadruk van de Napolitaanse fokkerij naar het fokken van koetspaarden en minder als rijpaard.

Door de goede kwaliteiten en meewerkend karakter verspreidde de Napolitaner zich over heel Europa. De Habsburgers gebruikten Napolitaners bij de fokkerij op de hofstoeterijen en dit is in de Lipizzanerfokkerij terug te zien aan de hengstenstammen "Conversano" en "Neapolitano". Beide stammen voeren terug op stamvaders uit de 18e eeuw. In de Kladruberfokkerij verwijzen de namen "Generale" en "Sacramoso/Solo" naar de Napolitaanse stamvaders.

In de 19e eeuw verdween de Napolitaner als gevolg van kruisingen met Arabische en Engelse volbloeden en tegenwoordig is het ras uitgestorven. Lokale rassen zoals de Murgese tonen nog uiterlijke kenmerken die verwijzen naar de Napolitaner en er wordt beweerd dat de Murgese uit Zuid Italië nauw verwant is met de Napolitaner maar hier zijn geen harde bewijzen voo