De oorsprong van het ras gaat terug tot 1580. In dat jaar stichtte door de Oostenrijkse aartshertog Karel II van Oostenrijk een eigen hofstoeterij. Hij kocht van de bisschop van Triëst het landgoed "Lippiza" bij Sežana (Sessana) en verordonneerde de bouw van een stoeterij. Zijn doelstelling was om paarden voor transport, parades, slagveld en jacht te fokken, vooral ten behoeve van zijn eigen hof in Graz. De statige Spaanse paarden van de hofstoeterij van zijn neef, de Spaanse koning Filips II, in Cordoba (Las Caballerizas Reales de Córdoba) waren voor hem een inspiratie.

De bouw van de stoeterij omvatte ook het cultiveren van de ruwe karstbodem. Aarde werd aangevoerd uit de wijde omgeving om de stenige bodem te verrijken en vervolgens te bebossen. Wegens watergebrek werd een systeem voor regen- en dauwopvang ontwikkeld. De aankoop van de eerste paarden werd gedaan in Spanje in 1581. In de daaropvolgende jaren volgden verschillende transporten van hengsten en merries uit Zuid-Spanje, aangekocht door de Oostenrijkse ambassadeur in Spanje, Baron Khevenhüller. Naast Spaanse paarden werden later ook paarden van een vergelijkbaar type (de Napolitaner) uit Italië aangevoerd. Hoewel latere geschiedschrijvers hebben geschreven dat er ook inlandse paarden ("karster") in de hofstoeterij Lippiza zouden zijn gebruikt, valt hierover in de keizerlijke archieven niets terug te vinden.

Toen de zoon van Karel II in Wenen keizer werd, werd de hofstoeterij Lippiza sindsdien hofleverancier van barokke rij- en koetspaarden voor het keizerlijke hof. Naast Lippiza bezat het hof nog andere stoeterijen, zoals de fokkerij van de Kladruber in Kladruby nad Labem,Kopcany, Enyed en Halbturn.Tussen deze stoeterijen bestond een voortdurende uitwisseling van fokmateriaal van het Spaanse type. Vanaf het begin van de 18e eeuw werden naast Spaanse en Napolitaanse paarden ook fokpaarden aangekocht of verkregen uit andere hofstoeterijen in Europa. Bijvoorbeeld uit de Deense koninklijke stallen in Frederiksborg en de hofstoeterij Bückeburg in Duitsland. Bovendien werden ook verschillende Arabische paarden ingezet.
De paarden van de hofstoeterij Lippiza werden gedurende verschillende oorlogen regelmatig geëvacueerd. De eerste keren tijdens de Napoleontische oorlogen in 1796 en later. Aan het begin van de Eerste Wereldoorlog, in 1915 werd het paardenbestand van Lippiza overgebracht naar het Oostenrijkse Laxenburg bij Wenen. Na de Eerste Wereldoorlog viel het oude keizerrijk Oostenrijk-Hongarije uiteen, en verviel de omgeving van Lippiza aan Italië. Het grootse deel van de keizerlijke kudde moest aan de Italianen worden afgegeven, die vanaf toen de Italiaanse spelling gebruiken: Lipizza en Lipizzaner. Zevenennegentig paarden bleven in de nieuwe republiek Oostenrijk, en werden in 1920 naar de stoeterij Piber bij Köflach gebracht. Deze paarden vormden, samen met de lipizzaners uit Radautz, de basis voor de huidige Oostenrijkse lipizzanerfokkerij, de leverancier van de Spaanse Hofrijschool in Wenen. Een aantal veulenjaargangen uit Lippiza en Laxenburg verbleven in 1919 nog in Kladrub, en vervielen aan de nieuwe Tsjechoslowaakse staat. In 1921 werden zij naar de nieuw opgerichte stoeterij Topol'cianky gebracht.In de overige nieuwe staten Hongarije, Roemenië, Tsjechoslowakije, en Joegoslavië werd de lipizzanerfokkerij tussen 1919 en de Tweede Wereldoorlog zelfstandig opgezet en uitgebreid, op eigen staatsstoeterijen.

De Lipizzaners doorstonden niet alleen de ondergang van het Habsburgse Rijk, de beide wereldoorlogen en de waanzinnige veredelingsproeven van Hitler, Stalin en Ceaușescu, maar ook de oorlog in de jaren negentig die het einde van het oude Joegoslavië betekende.

Naast bovengenoemde stoeterijen, worden tegenwoordig lipizzaners ook nog gefokt in de Kroatische stoeterijen Djakovo en Lipik, de Bosnische stoeterij Vucijak(te Prnjavor), de Servische stoeterij Karadjordjevo, in de Hongaarse stoeterij Szilvásvárad en de Roemeense stoeterijen Sambata de Jos en Beclean. Bovendien waaierde de lipizzaner na de Tweede Wereldoorlog uit over de wereld. Privéfokkers zijn over de hele wereld actief, niet alleen in Europa, maar ook in de Verenigde Staten, Australië en Zuid-Afrika. Beroemde grotere privéstoeterijen zijn onder andere Tempel Farms in de buurt van Chicago de South African Lipizzaner in Kyalami  en Kelebija in Servië

De lipizzaner paarden zijn meestal schimmel (als veulen donker geboren, maar na verloop van jaren wit wordend). Naast schimmels komen ook de kleuren bruin, donkerbruin en zwart voor, incidenteel vos en valk. Het hoofd is uitdrukkingsvol, met grote sprekende ogen. De neuslijn is subconvex (een licht bollende ramsneus)

De stokmaat ligt in de praktijk tussen de 148 en 162 centimeter, de rassenstandaard is tussen 155 en 158 centimeter. De hals is vrij hoog aangezet en geeft een trotse indruk. Het lichaam kent een vloeiende bovenlijn, met weinig geprononceerde schoft, middellange rug en rond kruis. Het behang is fijn en zijde-achtig. De benen zijn kort, hard en sterk, de voeten klein en uitstekend gevormd. De bewegingen zijn trots en verheven. De lipizzaner behoort een natuurlijke aanleg voor verzameling te hebben, zodat de zwaarste oefeningen van de klassieke dressuur uitgevoerd kunnen worden.

De lipizzaner is van oudsher gefokt als middelgroot, licht rij- en koetspaard. Een gezond, hard, sterk, wendbaar paard met veel uithoudingsvermogen en intelligent karakter. Dit maakt hem uitermate geschikt voor de hedendaagse (internationale) mensport. Beroemd zijn de Hongaren die al decennialang in de verschillende aangespannen disciplines wereldkampioenen met lipizzaners hebben. Meervoudig wereldkampioen IJsbrand Chardon heeft niet voor niets een paar jaar geleden voor zijn international indoor-vierspanwedstrijden voor de lipizzaner gekozen. Maar ook op nationaal niveau zijn verschillende aanspanningen actief, en met name in tandem-aanspanningen Nederlands kampioen geworden.

Als rijpaard is de lipizzaner bij uitstek bekend als hét klassieke dressuurpaard. Vanwege zijn aangeboren vermogen tot verzameling is hij uitermate geschikt voor de allerzwaarste oefeningen uit de Klassieke Dressuur, met inbegrip van de zogenaamde "schoolsprongen" als levade, courbette en capriole. Wereldberoemd zijn natuurlijk de lipizzanerhengsten van de Spaanse rijschool uit Wenen.

Vanwege zijn gemiddeld lagere stokmaat en relatieve kortbenigheid, lijkt de lipizzaner minder geschikt voor de hedendaagse dressuursport, hoewel ook daar uitzonderingen de regel bevestigen, zoals regelmatig dressuurruiters van het Sloveense A-dressuurkader ook internationaal laten zien.