Het ras ontstond door kruisingen van inlandse pony's, waarvan aangenomen wordt dat zij verwant waren aan Mongoolse paarden, met Europese paardenrassen als Arabieren en Berbers. Dit gebeurde in de 17de eeuw. De paarden werden in de tijd van de kolonialisatie onder het zadel gebruikt om westerse toeristen te vervoeren tijdens bergtochten bijvoorbeeld naar de vulkanen Bromo en Papandayan.

De Javapony is klein maar sterk. De schofthoogte varieert van 1,17 tot 1,27 meter. De ogen zijn levendig en expressief. De oren van zijn naar verhouding groot. Het hoofd is meestal lang. De hals is kort en de schoft is duidelijk geprofileerd. De schouders van de Javapony staan schuin. De borst is diep maar smal, de rug is lang en het kruis helt licht. De staart is hoog aangezet als bij een Arabier en wordt ook zo gedragen. De benen zijn rank als die van een Arabier. De pijpen zijn lang maar de gewrichten zijn slechts matig ontwikkeld. De achterbenen zijn soms koehakkig. Desondanks zijn de benen zeer sterk. De Javapony komt voor in alle kleuren.