Vanaf 1747 werd de Alter Real gefokt door de koninklijke familie, de Braganza's. Deze familie importeerde een groot aantal merries uit Andalusië in Spanje om een stoeterij op te richten in Alter do Chao. De Alter real is technisch gezien geen apart ras maar een bloedlijn binnen het andere, grotere Portugese ras, de Lusitano. De populariteit van het ras nam in de 18e eeuw enorm toe vanwege zijn talent als rijpaard. Dit werd in de Napoleontische tijd bedorven door inbreng van Engelse volbloed, Arabische volbloed, Normandiër en Hannoveraan. Uiteindelijk is de Andalusiër ingebracht om de Altér real weer terug te brengen naar zijn oorsprong. In het begin van de 20e eeuw kwam er opnieuw een inzinking met het einde van de Portugese monarchie. Dankzij de inzet van de Portugese schrijver, geleerde en paardenfokker dr. Ruy d'Andrade in de jaren 1930-1939 is dit ras behouden gebleven. Hij kocht net op het nippertje twee hengsten, die al twintig jaar oud waren, en begon er mee te fokken met een paar merries die hij had weten te vinden.